Dưới triều đại của Minh Tông đại vương, triều đình được chia thành hai phái; Đại Doãn đứng đầu là Doãn Nhậm (尹任), cậu của Triều Tiên Nhân Tông; và Tiểu Doãn đứng đầu bởi Doãn Nguyên Hành (尹元衡), cậu của Minh Tông. Đại Doãn lên nắm quyền vào năm 1544, khi Nhân Tông nối ngôi; nhưng họ đã thất bại trong việc không thể tiêu diệt phe đối lập, từ lúc Văn Định Vương hậu bảo vệ phái Tiểu Doãn và những viên quan khác.

Sau khi Nhân Tông đại vương qua đời, Tiểu Doãn thay thế Đại Doãn trong triều đình và đã thẳng tay sát hại kẻ thù của họ trong lần thứ tư của cuộc thanh trừng. Doãn Nhâm bị giết chết cùng với phe cánh của mình, đây gọi là Ất Tị sĩ họa (乙巳士禍). Doãn Nguyên Hành được phong Lãnh nghị chánh, trực tiếp chuyên quyền, đồng thời tiếp tục cuộc tấn công vào phe đối lập.

Năm 1546, Doãn Nguyên Hành kết tội cho người anh của mình là Doãn Nguyên Lão (尹元老), khiến ông này bị giết vài ngày sau đó cùng với những người theo ông ta. Khi trong triều đình đã không còn đối thủ, Doãn Nguyên Hành nghiễm nhiên trở Lãnh nghị chánh (領議政; 영의정), tối cao quan tước trong quan chế Triều Tiên.

Trong thời gian cầm quyền, Văn Định Vương hậu đã ra lệnh chia lại những phần đất đai cho dân chúng mà trước đây đều thuộc quyền sở hữu của tầng lớp quý tộc. Bà là người bài Nho giáo và sùng Phất giáo, nên trọng dụng Phổ Vũ (普雨) và thiết lập Tăng khoa (僧科). Sau khi Minh Tông 20 tuổi, đã đủ chín chắn để trị vì, nhưng trên thực tế thì Văn Định Vương hậu vẫn phải giải quyết công việc của đất nước thay cho Minh Tông.